坂根先生から教えて頂いたもの

平成23年6月24日　更新

このページは、私が大変お世話になっている岡山理科大学理学部化学科の
坂根弦太先生(HP)から教えていただいた数々の情報を
石井研究室の資産としてまとめたページです。

●世界一美しい周期表

ポスター：こちら
表　Ver. 3：こちら
裏　Ver. 3：こちら
低解像度　Ver. 2：こちら
高解像度　Ver. 2：こちら
periodictable.com：こちら

粉末X線構造解析、無償
SIR2008と同じグループが開発、こちら

○粉末X線構造解析について

1. 実空間法（直接空間法）Direct-space methods
	粉末回折パターンに合うように構造を逐次修正し構造を解く手法、有機結晶の初期構造モデル導出に非常に有効な手法、単位格子における分子の位置と向きを決定する、自由回転できる結合については、そのねじれ角も決定する。　　長所：低角のデータのみで解析可能　　　　　プロファイル強度使用可能　　　　　比較的結晶性の低い試料でも解析可能　　短所：モデルの自由度に制限がある　　　　　比較的計算時間がかかる　プログラム　１．DASH 有償　　　　　　　２．ESPOIR 　　　　　　　３．FOX 　　　　　　　４．PSSP 　　　　　　　５．PowderSolve

2. 逆空間法（直接法）Direct methods
	反射の位相を推定する手法、単結晶構造解析の直接法に該当、直接法では個々の原子の位置を電子密度の極大値から決定。　　長所：多数の独立原子をもつ構造決定に優れる　　　　　計算時間が短い　　短所：高角側の反射データが必要　　　　　高分解能回折データとパターン分解が必要　EXPO2004 無償　（SIR2008と同じグループが開発）　EXPO2006 無償　EXPO2009 無償

3. その他
	・powder charge flipping(pCF) 　・MPF法(MEM解析, w.p.f.)

坂根先生のブログは、こちら

WEBサイトは、こちら
windows版のバイナリーは、こちら

●COD (Crystallography Open Database)

こちら

坂根先生のCOD（魚）のページは、こちら

●openbabel（化学データフォーマット変換ツール）

こちら
変換可能なフォーマットの種類は、こちら
ダウンロードのページは、こちら

●ＢＡＢＥＬ（化学データフォーマット変換ツール）

使用方法

オリジナルは、こちら

●Ｘ線測定とDV-Xα計算

　Ｘ線や電子線、放射光などを用いた単結晶や粉末結晶の構造解析は、結局電子密度を測定しているに過ぎない。この電子密度をもとに原子や分子の絶対構造を決定する。実はDV-Xα分子軌道計算は、この電子密度測定の延長にある操作であるといえる。すなわち、実験的に求めた電子密度を、理論的にさらに精密化している作業であると考えられる。だから、

1.　Ｘ線測定により絶対構造を決定する
2.　絶対構造を元にDV-Xα分子軌道計算を行う

という一連の作業こそ、分子科学には必要である。

●スレーターの遷移状態法について

●構造とモデリング

1. MOLDA for Windows (MOLDA version 6.5 revision 2.0)
http://www.molda.org/molda-j/win/default.htm

2. MOLDA for Protein Modeling 1.0
http://www.molda.org/molda-p/download.html

MOLDA for Windows (MOLDA version 6.5) User's Guide
http://www.molda.org/molda-j/win/guide/guide.htm

MOLDA for Windows (MOLDA version 6.5) Learning Guide
http://www.molda.org/molda-j/win/learn/learn.htm

3. VENUS
http://homepage.mac.com/fujioizumi/visualization/VENUS.html#Three_versions

4. VICS-II (version 0.92.2)
OSX版がある
http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/download-vics.html

5. Mercury 1.4.1
(Cambridge Crystallographic Data Centre)
http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd_system/mercury/downloads/

6. Winmostar
http://winmostar.com/

7. Facio
http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/Facio_Jp.html

8. TINKER
http://dasher.wustl.edu/tinker/

●分子模型ストラップ

仮説社
e-mail: hanbai@kasetu.co.jp
169-0075東京都新宿区高田馬場2-13-7
tel（03）3204-1779
fax（03）3204-1781
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●ガウス加速器

●アメリカ化学会通信販売

●周期表ネクタイなど