平成23年6月24日 更新
このページは、私が大変お世話になっている岡山理科大学理学部化学科の
坂根弦太先生(HP)から教えていただいた数々の情報を
石井研究室の資産としてまとめたページです。
●世界一美しい周期表
●EXPO2009
粉末X線構造解析、無償
SIR2008と同じグループが開発、こちら
○粉末X線構造解析について
1. 実空間法(直接空間法)Direct-space methods | |
粉末回折パターンに合うように構造を逐次修正し構造を解く手法、有機結晶の初期構造モデル導出に非常に有効な手法、単位格子における分子の位置と向きを決定する、自由回転できる結合については、そのねじれ角も決定する。 長所:低角のデータのみで解析可能 プロファイル強度使用可能 比較的結晶性の低い試料でも解析可能 短所:モデルの自由度に制限がある 比較的計算時間がかかる プログラム 1.DASH 有償 2.ESPOIR 3.FOX 4.PSSP 5.PowderSolve |
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2. 逆空間法(直接法)Direct methods | |
反射の位相を推定する手法、単結晶構造解析の直接法に該当、直接法では個々の原子の位置を電子密度の極大値から決定。 長所:多数の独立原子をもつ構造決定に優れる 計算時間が短い 短所:高角側の反射データが必要 高分解能回折データとパターン分解が必要 EXPO2004 無償 (SIR2008と同じグループが開発) EXPO2006 無償 EXPO2009 無償 |
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3. その他 | |
・powder charge flipping(pCF) ・MPF法(MEM解析, w.p.f.) |
●Yadokari-XG
坂根先生のブログは、こちら
●ABINIT
●COD (Crystallography Open Database)
●openbabel(化学データフォーマット変換ツール)
●BABEL(化学データフォーマット変換ツール)
●X線測定とDV-Xα計算
X線や電子線、放射光などを用いた単結晶や粉末結晶の構造解析は、結局電子密度を測定しているに過ぎない。この電子密度をもとに原子や分子の絶対構造を決定する。実はDV-Xα分子軌道計算は、この電子密度測定の延長にある操作であるといえる。すなわち、実験的に求めた電子密度を、理論的にさらに精密化している作業であると考えられる。だから、
1. X線測定により絶対構造を決定する
2. 絶対構造を元にDV-Xα分子軌道計算を行う
という一連の作業こそ、分子科学には必要である。
●スレーターの遷移状態法について
●構造とモデリング
1. MOLDA for Windows (MOLDA version 6.5 revision 2.0)
http://www.molda.org/molda-j/win/default.htm
2. MOLDA for Protein Modeling 1.0
http://www.molda.org/molda-p/download.html
MOLDA for Windows (MOLDA version 6.5) User's Guide
http://www.molda.org/molda-j/win/guide/guide.htm
MOLDA for Windows (MOLDA version 6.5) Learning Guide
http://www.molda.org/molda-j/win/learn/learn.htm
3. VENUS
http://homepage.mac.com/fujioizumi/visualization/VENUS.html#Three_versions
4. VICS-II (version 0.92.2)
OSX版がある
http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/download-vics.html
5. Mercury 1.4.1
(Cambridge Crystallographic Data Centre)
http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd_system/mercury/downloads/
6. Winmostar
http://winmostar.com/
7. Facio
http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/Facio_Jp.html
8. TINKER
http://dasher.wustl.edu/tinker/
●分子模型ストラップ
仮説社
e-mail: hanbai@kasetu.co.jp
169-0075東京都新宿区高田馬場2-13-7
tel(03)3204-1779
fax(03)3204-1781
http://www.kasetu.co.jp/
郵便振替「00150-2-187851 仮説社」
三井住友銀行高田馬場支店普通3627640(株)仮説社
●ガウス加速器
【通販】
http://www.rakuten.co.jp/undigital/433042/433043/
http://www.26magnet.co.jp/
【実験の紹介】
http://www.scitoys.com/scitoys/scitoys/magnets/gauss.html
●アメリカ化学会通信販売
●周期表ネクタイなど